Si sono disputate le gare a eliminazione diretta dei 4 gironi della Champions League composti dalle vice campionesse dei rispettivi campionati nazionali e dalle terze in base ai coefficenti UEFA, le vincenti si sono qualificate al secondo turno.
Nel Gruppo 1 il Milan di mister Ganz, dopo un esordio vincente in casa dello Zurigo per 2 a 1, è stato sconfitto nella finalina dalle tedesche del Hoffenheim con un secco 2 a 0. Le rossonere sono state imprecise quanto sfortunate per la gioia delle avversarie che si qualificano.

Il terzo posto è andato al Valur che ha battuto il fanalino di coda dello Zurigo per 3 a 1

Il Gruppo 2, nelle semifinali, ha visto contendersi Brøndby - Kristianstad 0-1 e Bordeaux - Slováck 2-1
Due gare molto combattute ed equilibrate: terzo posto al Brøndby che ha battuto il Slovácko 2-1 e finalina che premia il Bordeaux vincente 3 - 1 con le norvegesi del Kristianstad.

Il Gruppo 3 è vinto da Levante che batte il quotato Rosenborg per 4 a 3. Ilterzo posto è andato al Minsk che supera il Celtic per 3 a 2.

Il Gruppo 4 si è giocato in casa della Lokomotiv Moskva, questi i risultati delle semifinali:
Arsenal - Okzhetpes 4-0
PSV Eindhoven - Lokomotiv Moskva 3-1
La finalina del terzo posto: Okzhetpes - Lokomotiv Moskva 0-4
La finale è appannaggio dell'Arsenal sul PSV Eindhoven per 3-1

I gironi composti dai Club vincitrici dei rispettivi scudetti nazionali sono così terminati:

Gruppo 1 (club ospitante Gintra)

Semifinali
Breidablik - KÍ Klaksvík 7-0
Gintra - Flora Tallinn 2-0

Finale terzo posto
KÍ Klaksvík - Flora Tallinn 0-1
Finale
Gintra - Breidablik 1-8

Gruppo 2 (club ospitante Glasgow City)

Semifinali
Glasgow City - Birkirkara 3-0
BIIK-Shymkent - Slovan Bratislava 4-0

Finale terzo posto
Slovan Bratislava - Birkirkara 1-0
Finale
BIIK-Shymkent - Glasgow City 0-1

Gruppo 3 (club ospitante Osijek)

Semifinali
Anderlecht - Hayasa 3-0
Osijek - Breznica Pljevlja 5-0

Finale terzo posto
Breznica Pljevlja - Hayasa 3-2
Finale
Anderlecht - Osijek 0-1

Gruppo 4 (club ospitante SFK 2000 Sarajevo)

Semifinali
SFK 2000 Sarajevo - Racing FC Union Luxembourg 0-1
Benfica - Qiryat-Gat 4-0

Finale terzo posto
SFK 2000 Sarajevo - Qiryat-Gat 1-1 (dts, 4-2 ai rig.)
Finale
Benfica - Racing FC Union Luxembourg 7-0

Gruppo 5 (club ospitante Åland United)

Semifinali
Servette FCCF - Glentoran 1-0
Olimpia Cluj - Åland United 0-4

Finale terzo posto
Olimpia Cluj - Glentoran 0-2
Finale
Servette FC Chênois - Åland United 1-0

Gruppo 6 (club ospitante Apollon LFC)

Semifinali
Apollon LFC - Dinamo-BSUPC 2-0 (dts)
CSKA Moskva - Swansea City 4-1 (dts)

Finale terzo posto
Dinamo-BSUPC - Swansea City 2-0
Finale
Apollon LFC - CSKA Moskva 2-1

Gruppo 7 (club ospitante PAOK)

Semifinali
PAOK - Agarista CSF Anenii Noi 6-0
Vålerenga - Mitrovica 5-0

Finale terzo posto
Mitrovica - Agarista CSF Anenii Noi 3-0
Finale
Vålerenga - PAOK 2-0

Gruppo 8 (club ospitante Juventus)

Semifinali
Juventus - Kamenica Sasa 12-0
St. Pölten - Beşiktaş 7-0

Finale terzo posto
Beşiktaş - Kamenica Sasa 4-0
Finale
St. Pölten - Juventus 1-4

Gruppo 9 (club ospitante Twente)

Semifinali
Spartak Subotica - Peamount United 5-2
Twente - WFC Nike 9-0

Finale terzo posto
Peamount United - WFC Nike
Finale
Twente - Spartak Subotica 5-3

Gruppo 10 (club ospitante Pomurje Beltinci)

Semifinali
WFC Kharkiv - NSA Sofia 5-1
Pomurje Beltinci - Rīgas Futbola skola 6-1

Finale terzo posto
NSA Sofia - Rīgas Futbola skola 2-1
Finale
WFC Kharkiv - Pomurje Beltinci 4-1

Gruppo 11 (club ospitante Czarni Sosnowiec)

Semifinale
Ferencváros - Czarni Sosnowiec 2-1

Finale
Vllaznia - Ferencváros 0-0 (dts, 3-1 ai rig.)

Entrano nel turno 2:
Sparta Praha, Häcken, Køge

Calendario della stagione

Turno 2
Andata: 31 agosto/1 settembre
Ritorno: 8/9 settembre

Sorteggio fase a gironi
13 settembre

Fase a gironi
Prima giornata: 5/6 ottobre
Seconda giornata: 13/14 ottobre
Terza giornata: 9/10 novembre
Quarta giornata: 17/18 novembre
Quinta giornata: 8/9 dicembre
Sesta giornata: 15/16 dicembre

Sorteggio quarti di finale e semifinale
20 dicembre

Quarti di finale
Andata: 22/23 marzo
Ritorno: 30/31 marzo

Semifinali
Andata: 23/24 aprile
Ritorno: 30 aprile/1 maggio

Finale (Juventus Stadium, Torino)
Data da confermare